Zakochana w aktorach
Flynn Boyle długo nie mogła sobie ułożyć życia prywatnego. Na planie "Miasteczka Twin Peaks" poznała Kyle'a MacLachlana, z którym umawiała się przez dwa lata. W 1996 r. wyszła za mąż, ale rozwód nastąpił już po dwóch latach. Potem spotykała się z komikiem Davidem Spadem, ale ostatecznie uległa urokowi jednego z największych hollywoodzkich podrywaczy, Jacka Nicholsona.
Romans z Nicholsonem okazał się nie mieć przyszłości i Flynn Boyle znowu została sama. Aż do 2006 r., kiedy wyszła za mąż za inwestora z branży nieruchomości. Małżeństwem są do dziś. Lara Flynn Boyle nigdy nie została matką.