Wajda spoczął obok grobowca rodzinnego na Cmentarzu Salwatorskim
Uronę z prochami niosła na miejsce wiecznego spoczynku wdowa po artyście Krystyna Zachwatowicz-Wajda. Ceremonia pogrzebowa miała charakter religijny, na cmentarzu nie było żadnych oficjalnych przemówień. Wokół grobu zebrał się tłum żałobników. Reżysera żegnała rodzina, współpracownicy, przyjaciele.
Rodzina zmarłego prosiła o nieskładanie kwiatów i wieńców. Zamiast tego zaapelowano o złożenie datków na Hospicjum Onkologiczne św. Krzysztofa w Warszawie lub Hospicjum św. Łazarza w Krakowie.