Powrócił do grania
W 1994 r. Petty zadebiutował pod skrzydłami wytwórni Warner Bros. drugim solowym krążkiem, "Wildflowers", którego współproducentem został Rick Rubin. Dwa lata później wraz z zespołem nagrał ścieżkę dźwiękową do filmu "She's the One" z Jennifer Aniston i Cameron Diaz w rolach głównych. Świat kina na tyle mu się spodobał, że w 1997 r. zagrał w obrazie Kevina Costnera "Wysłannik przyszłości" (nie był to jednak pierwszy raz, kiedy pojawił się na ekranie, już w 1978 r. dostał małą rolę w filmie "FM"). W 2013 r. Tom wystapił również w dokumentalnym filmie Dave'a Grohla "Sound City".
Tom powrócił do grania w 1999 r., czego efektem był wydany wtedy longplay "Echo". Przy okazji promocji, po raz kolejny artysta postanowił wyciągnąć rękę do fanów. Pierwszy wykrojony z niego singel "Free Girl Now," zamieścił w internecie do darmowego pobrania, niemniej dwa dni po publikacji wytwórnia zdjęła utwór z sieci. Skutecznie jednak Amerykanin sprzeciwił się podniesieniu cen biletów na koncerty zespołu.