Podarła zdjęcie Jana Pawła II

Dziś jako Shuhada krytykuje przeciwników islamu i celebrytów z jej rodzinnego kraju, kiedyś celem jej ostrych wypowiedzi był z kolei Kościół katolicki, a szczególnie księża. Najbardziej kontrowersyjną demonstracją jej przekonań było podarcie zdjęcia Jana Pawła II podczas programu Saturday Night Live nadawanego na żywo w amerykańskiej telewizji. W ten sposób Sinead chciała zaprotestować przeciwko tuszowaniu przez Watykan przypadków molestowania dzieci przez księży. Jej zdaniem papież miał w tym duży udział, bo nie zabrał publicznie głosu na ten temat i nie przystąpił do działania przeciwko księżom-pedofilom. Niedługo później kolejny raz uderzyła w Kościół za to, że jest negatywnie nastawiony do kwestii homoseksualizmu. Mówiła: "nauczanie przeciwko homoseksualizmowi jest bluźnierstwem".